Medicamentos são todos os produtos farmacêuticos, tecnicamente obtidos ou elaborados, com finalidades profiláticas, curativas, paliativas ou para fins de diagnósticos. No INCQS, constituem a área de preocupação sanitária mais antiga, juntamente com os alimentos. No Brasil, seu controle se tornou mais necessário após três momentos históricos: a partir da Segunda Guerra Mundial, quando houve um grande avanço mundial na área; na década de 1970, quando o país começa a buscar a auto-suficiência em medicamentos; e com a implantação dos genéricos, ocorrida em 1999.

Os medicamentos recebidos pelo GT/MED são monitorados desde o seu recebimento, passando-se para a análise de sua embalagem, até a avaliação de seu princípio ativo, seguindo o conjunto de normas dos compêndios oficiais, como a Farmacopéia Brasileira ?  código farmacêutico oficial do país, que estabelece a qualidade dos medicamentos aqui em uso. E tal controle abarca não só as drogas industrializadas, como também aquelas produzidas em farmácias de manipulação. Qualquer falsificação ou alteração feita nesses produtos é considerada crime grave, pois põe a vida daqueles que os consomem  em  risco direto.

O GT/MED trabalha em cooperação direta com a Agência Nacional de Vigilância Sanitária (Anvisa), com os Laboratórios Centrais (Lacens) e as Vigilâncias Sanitárias estaduais e municipais e com denuncias do Ministério Público. Participa de programas de monitoramento, com destaque no momento para o  controle os medicamentos que fazem parte do Programa de  Farmácia Popular.  Participa também, com outros laboratórios da América do Sul e Central, de controles de produtos utilizados nos programas da Organização Pan-americana de Saúde e Farmacopéia Americana.

Além da rotina do recebimento e controle das amostras, o GT/MED participa e organiza cursos, congressos, oficinas e encontros. Também coordena programas de medicamentos, além de estar presente em reuniões na Anvisa e Opas