O INCQS possui área construída aproximada de 13.000 m², onde estão distribuídos laboratórios, salas de aula para os cursos de pós-graduação, oficinas de manutenção elétrica, mecânica e construção de dispositivos, marcenaria, almoxarifado e central de esterilização. Compõem esta estrutura 28 setores laboratoriais, o serviço de experimentação animal, a biblioteca, o setor de Informática, responsável pelo gerenciamento de cerca de 200 estações de trabalho, um auditório com equipamentos multimídia e área de lazer para funcionários.

Dentre estes setores laboratoriais, estão incluídos o setor de cultura de células, os laboratórios de metrologia/calibração nas áreas de massa, volume e temperatura, os de produção de materiais químicos e biológicos de referência, os de análise de Organismos Geneticamente Modificados (OGM) e os de análise de esterilidade de produtos.

Os laboratórios estão distribuídos em quatro departamentos técnicos, de acordo com a área de conhecimento: Farmacologia e Toxicologia (DFT), Imunologia (DI), Microbiologia (DM) e Química (DQ). Há, ainda, a Central de Recebimento de Amostras, para recebimento e armazenamento de amostras, além dos departamentos e setores administrativos, gerenciais e educacionais.

O Instituto dispõe de equipamentos sofisticados, tais como: cromatógrafo gasoso acoplado à espectrometria de massas acoplado à espectrometria de massa (CG-EM-EM) e cromatógrafo líquido de alta eficiência acoplado à espectrometria de massas acoplada à espectrometria de massa (CL-EM-EM).

O quadro funcional da Instituição, distribuído entre servidores públicos e prestadores de serviços terceirizados, é composto por mais de 450 trabalhadores.

O Instituto conta, ainda, com a participação de residentes e bolsistas dentro de seus programas de aperfeiçoamento e pós-graduação.