A microscopia de alimentos verifica a qualidade da matéria-prima e as condições higiênico-sanitárias empregadas no processo de fabricação e de armazenamento dos produtos alimentícios.

Para tanto, busca evidenciar fraudes alimentares ou identificar a presença de matérias estranhas e sujidades nos alimentos, tais quais fragmentos de insetos, ácaros, pelos de animais e bárbulas (minúsculos filamentos que unem as barbas das penas das aves) de aves.