A estrutura do INCQS é matricial: as amostras são distribuídas por diferentes Núcleos Técnicos (NTs), que as encaminham aos laboratórios dos departamentos técnico-científicos, de acordo com as análises a serem realizadas.

NT-SAN - Núcleo Técnico de Saneantes

NT-MED - Núcleo Técnico de Medicamentos

NT-SH - Núcleo Técnico de Sangue e Hemoderivados

NT-AD - Núcleo Técnico de Artigos de Diálise

NT-PB - Núcleo Técnico de Produtos Biológicos

NT-COS - Núcleo Técnico de Cosméticos

NT-AL - Núcleo Técnico de Alimentos

NT-AMB - Núcleo Técnico de Saúde Ambiental

NT-CRID - Núcleo Técnico de Conjuntos, Reagentes e Insumos Diagnósticos

NT-AS - Núcleo Técnico Artigos de Saúde

NT-REG PROD BIOL - Núcleo Técnico de Registro de Produtos Biológicos