Os trabalhadores do INCQS participaram ativamente do VIII Congresso Interno da Fiocruz, realizado nos dias 11, 12,13 e 14 de dezembro de 2017. O Congresso é a instância máxima de representação institucional e deliberações da Fiocruz.

O Instituto teve 18 delegados, 5 suplentes e 3 observadores, eleitos em assembleia geral. Eles participaram propositivamente dos debates acerca do documento-base, previamente discutido no INCQS, em quatro encontros específicos para este fim.

O Congresso da Fiocruz delibera sobre assuntos estratégicos relacionados ao macroprojeto institucional, sobre o regimento interno, sobre propostas de alteração do estatuto, sobre matérias, enfim, que possam interferir nos rumos da instituição. Acontece a cada quatro anos, sempre no primeiro ano de cada nova gestão da Presidência da Fiocruz.