A estrutura do INCQS é matricial: as amostras são distribuídas por diferentes Núcleos Técnicos (NTs), que as encaminham aos laboratórios dos departamentos técnico-científicos, de acordo com as análises a serem realizadas.

NT/SAN - Núcleo Técnico de Saneantes

NT/MED - Núcleo Técnico de Medicamentos

NT/SH - Núcleo Técnico de Sangue e Hemoderivados

NT/AID - Núcleo Técnico de Artigos de Diálise

NT/PB - Núcleo Técnico de Produtos Biológicos

NT/COS - Núcleo Técnico de Cosméticos

NT/AL - Núcleo Técnico de Alimentos

NT/AMB - Núcleo Técnico de Saúde Ambiental

NT/KITS - Núcleo Técnico de Conjuntos, Reagentes e Insumos Diagnóscos

NT/AS - Núcleo Técnico de Argos de Saúde

NT/RPB - Núcleo Técnico de Registro de Produtos Biológicos